Người nhà Habsburg thường kết hôn trong cùng họ để giữ gìn đất đai và tài sản, và vào năm 1646 Maria Anna được hứa hôn với anh họ của bà, Balthasar Charles, Hoàng tử Asturias. Cái chết của ông vào 3 tháng sau khiến bà mất đi người chồng chưa cưới và chú bà là Philip IV mất đi người thừa kế. Vào ngày 7 tháng 10 năm 1649, Philip lúc đó 44 tuổi kết hôn với cô cháu gái 14 tuổi của mình tại Navalcarnero, bên ngoài Madrid; từ đó trở đi, bà được biết đến với cái tên tiếng Tây Ban Nha của mình là 'Mariana'. Việc phụ nữ không được tham gia vào công việc chính trị khiến bà tập trung vào tôn giáo và giáo dục, những thứ mà xã hội thời đó cho là phù hợp với người phụ nữ, những người mang vai trò nuôi dạy và dẫn lối về mặt đạo đức.[2]

Chỉ có hai trong số năm đứa con của họ sống tới tuổi trưởng thành; đứa con cả, Margaret Theresa (1651-1673), kết hôn với chú mình là Leopold I, Hoàng đế La Mã Thần thánh vào năm 1666. Con gái thứ hai của Mariana, Maria Ambrosia, chỉ sống được mười lăm ngày, sau đó hai đứa con nữa cũng qua đời, Philip Prospero (1657-1661) và Ferdinand Thomas (1658-1659). Vào ngày 6 tháng 11 năm 1661, Mariana sinh ra đứa con út, Charles, sau này được biết đến là El Hechizado hay "Kẻ bị bỏ bùa", do nhiều người tin rằng ông bị khuyết tật là do "phép phù thủy." Trong trường hợp của ông, cái gọi là bộ hàm Habsburg rõ rệt đến mức cả đời ông gặp khó khăn khi ăn uống và nói chuyện. Ông không tập đi cho đến năm 8 tuổi và chưa từng đến học tại trường, nhưng các quan sát viên nước ngoài báo cáo rằng năng lực tâm thần của ông vẫn ổn định; những người khác tin rằng Nhiếp chính vương hậu đã phóng đại những khuyết tật của ông để tiếp tục nắm quyền.[3]

Đã có nhiều gợi ý rằng Charles mắc phải căn bệnh nội tiết tố to cực và một loạt những khuyết tật di truyền hiếm gặp thường di truyền qua gene lặn, bao gồm thiếu hormone tuyến yên và nhiễm acid ống thận.[4] Tuy nhiên, chị gái ông không phải chịu những vấn đề sức khỏe tương tự, và các tác giả của công trình nghiên cứu đồ sộ nhất đã tuyên bố rằng vẫn chưa thể chứng minh các khuyết tật (của ông)...là do...gene lặn khi cha mẹ có tổ tiên chung.[5] Mặc cho nguyên nhân là gì, Charles vẫn phải chịu nhiều cơn bệnh tật suốt đời, và triều đình Tây Ban Nha bị chia năm xẻ bảy do cuộc tranh đoạt quyền lực giữa những kẻ cùng có quyền thừa kế, Louis XIV và Hoàng đế Leopold. Người ta mong ông chết gần như ngay từ lúc ông ra đời; ông "lùn, đi khập khiễng, động kinh, yếu ớt và đã hói cả đầu trước tuổi 35,... nhiều lần khiến con dân bất ngờ vì ông đã sống tiếp."[6]